Ямагути Гоген родился 20 января 1909 года в Кагосима, Кюсю. Боевые искусства на острове Кюсю всегда были очень популярны и Ямагути с ранних лет начинает изучать каратэ у мастера Мураты с Окинавы, а кэндо и дзюдо у мастера Тосияки. По прошествии некоторого времени Ямагути поступает в университет Рицумэйкан, известный своими традициями в области боевых искусств. В университете, в то время, еще не было клуба каратэ и Ямагути со всей своей энергией берется за его организацию.

В 1928 году он, 22-х летний инструктор уже успевшего прославиться клуба, приглашает в Рицумэйкан мастера Мияги и становится его учеником. Ямагути практикует яростное, жесткое каратэ, но Мияги привносит в его технику мягкость. За свое проворство и гибкость, Гогэн получает прозвище "Кот", которое полнее всего характеризует внутренний дух мастера.

В 1935 году Ямагучи создаёт форму свободного поединка, чего не было в каноне обучения окинавского годзю-рю. Сегодня эта форма (ДЗЮ-КУМИТЭ) лежит в основе спортивного каратэ.

Во время военных действий в Монголии Ямагути действовал в качестве секретного агента и был пленен, но потом освобожден. В 1939 году он по поручению правительства снова оказывается в тех же краях и с той же миссией. На этот раз он оказывается в русском плену, в 1945 году.

Только в 1947 году несгибаемый Ямагути возвращается в метрополию, где с новой энергией берется за преподавание Годзю-Рю. Он начинает интенсивно изучать синто, дзэн и йогу, что довольно заметно меняет его понимание Годзю-Рю. Его занятия оказывают сильное влияние на его стиль.

Благодаря усилиям Ямагучи в 1964 году была создана крупнейшая организация FAJKO (Всеяпонская федерация организаций каратэ-до), которая объединила ведущие направления японского каратэ-до.

Ямагути подготовил много прекрасных мастеров и оказал огромное влияние на развитие Годзю-Рю во всем мире, где легендарный каратист был очень известен и популярен. За выдающиеся заслуги в области воинских искусств Ямагучи был удостоен высокизх правительственных наград и звания СЭЙКО СИХАН (великий мастер).

Ямагути Гогэн умер 20 мая 1989 года, покончив жизнь самоубийством.